Vườn quốc gia Côn Đảo được thành lập từ năm 1993 trên cơ sở chuyển từ Khu rừng cấm Côn Đảo với diện tích 6.000 ha trên cạn và 14.000 ha vùng nước, bao trùm 14 hòn đảo[26] (không bao gồm hòn Trứng Lớn và hòn Trứng Nhỏ[Ghi chú 2]).

Về thực vật, người ta thống kê được 882 loài thực vật rừng bậc cao thuộc 562 chi, 161 họ, trong đó có 371 loài thân gỗ, 30 loài phong lan, 103 loài dây leo, 202 loài thảo mộc,.... Về động vật rừng, hiện đã biết 144 loài bao gồm 28 loài thú, 69 loài chim, 39 loài bò sát,...[26] Côn Đảo có loài thạch sùng Côn Đảo đặc hữu.

Vùng biển của vườn quốc gia sở hữu 1.383 loài sinh vật biển, trong đó có 127 loài rong biển, 11 loài cỏ biển, 157 loài thực vật phù du, 115 loài động vật phù du, 202 loài cá, 8 loài thú và bò sát biển,... Các rạn san hô nơi đây do 219 loài hợp thành; độ phủ trung bình là 42,6 %.[26] Côn Đảo không chỉ là vùng có nhiều rùa biển nhất nước Việt Nam mà còn là nơi duy nhất ở Việt Nam còn tồn tại một quần thể bò biển có cuộc sống không tách rời các thảm cỏ biển.[27]